农村寄宿制学校宋内志贺菌菌痢暴发及全基因组溯源分析

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农村寄宿制学校宋内志贺菌菌痢暴发及全基因组溯源分析

刘东立, 张义, 马国柱, 曹磊, 石一, 李文涓, 刘长宏, 史伟, 王舒, 张铮, 宁少奇, 孙亮, 关蓉晖, 张同军, 刘峰

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刘东立, 张义, 马国柱, 曹磊, 石一, 李文涓, 刘长宏, 史伟, 王舒, 张铮, 宁少奇, 孙亮, 关蓉晖, 张同军, 刘峰. 农村寄宿制学校宋内志贺菌菌痢暴发及全基因组溯源分析[J]. 中国学校卫生, 2018, 39(5): 741-746. doi: 10.16835/j.cnki.1000-9817.2018.05.030

引用本文:

刘东立, 张义, 马国柱, 曹磊, 石一, 李文涓, 刘长宏, 史伟, 王舒, 张铮, 宁少奇, 孙亮, 关蓉晖, 张同军, 刘峰. 农村寄宿制学校宋内志贺菌菌痢暴发及全基因组溯源分析[J]. 中国学校卫生, 2018, 39(5): 741-746. doi: 10.16835/j.cnki.1000-9817.2018.05.030

LIU Dongli, ZHANG Yi, MA Guozhu, CAO Lei, SHI Yi, LI Wenjuan, LIU Changhong, SHI Wei, WANG Shu, ZHANG Zheng, NING Shaoqi, SUN Liang, GUAN Ronghui, ZHANG Tongjun, LIU Feng. Epidemiological tracing of Shigella Sonnei bacillary dysentery outbreaks in rural boarding schools by whole-genome sequencing[J]. CHINESE JOURNAL OF SCHOOL HEALTH, 2018, 39(5): 741-746. doi: 10.16835/j.cnki.1000-9817.2018.05.030

Citation:

LIU Dongli, ZHANG Yi, MA Guozhu, CAO Lei, SHI Yi, LI Wenjuan, LIU Changhong, SHI Wei, WANG Shu, ZHANG Zheng, NING Shaoqi, SUN Liang, GUAN Ronghui, ZHANG Tongjun, LIU Feng. Epidemiological tracing of Shigella Sonnei bacillary dysentery outbreaks in rural boarding schools by whole-genome sequencing[J]. CHINESE JOURNAL OF SCHOOL HEALTH, 2018, 39(5): 741-746. doi: 10.16835/j.cnki.1000-9817.2018.05.030

刘东立, 张义, 马国柱, 曹磊, 石一, 李文涓, 刘长宏, 史伟, 王舒, 张铮, 宁少奇, 孙亮, 关蓉晖, 张同军, 刘峰. 农村寄宿制学校宋内志贺菌菌痢暴发及全基因组溯源分析[J]. 中国学校卫生, 2018, 39(5): 741-746. doi: 10.16835/j.cnki.1000-9817.2018.05.030

引用本文:

刘东立, 张义, 马国柱, 曹磊, 石一, 李文涓, 刘长宏, 史伟, 王舒, 张铮, 宁少奇, 孙亮, 关蓉晖, 张同军, 刘峰. 农村寄宿制学校宋内志贺菌菌痢暴发及全基因组溯源分析[J]. 中国学校卫生, 2018, 39(5): 741-746. doi: 10.16835/j.cnki.1000-9817.2018.05.030

LIU Dongli, ZHANG Yi, MA Guozhu, CAO Lei, SHI Yi, LI Wenjuan, LIU Changhong, SHI Wei, WANG Shu, ZHANG Zheng, NING Shaoqi, SUN Liang, GUAN Ronghui, ZHANG Tongjun, LIU Feng. Epidemiological tracing of Shigella Sonnei bacillary dysentery outbreaks in rural boarding schools by whole-genome sequencing[J]. CHINESE JOURNAL OF SCHOOL HEALTH, 2018, 39(5): 741-746. doi: 10.16835/j.cnki.1000-9817.2018.05.030

Citation:

LIU Dongli, ZHANG Yi, MA Guozhu, CAO Lei, SHI Yi, LI Wenjuan, LIU Changhong, SHI Wei, WANG Shu, ZHANG Zheng, NING Shaoqi, SUN Liang, GUAN Ronghui, ZHANG Tongjun, LIU Feng. Epidemiological tracing of Shigella Sonnei bacillary dysentery outbreaks in rural boarding schools by whole-genome sequencing[J]. CHINESE JOURNAL OF SCHOOL HEALTH, 2018, 39(5): 741-746. doi: 10.16835/j.cnki.1000-9817.2018.05.030

农村寄宿制学校宋内志贺菌菌痢暴发及全基因组溯源分析

doi: 10.16835/j.cnki.1000-9817.2018.05.030

陕西省疾病预防控制中心病原微生物所,西安,710054

中图分类号: 34-1092/R
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出版历程
- 刊出日期: 2018-05-25

Epidemiological tracing of Shigella Sonnei bacillary dysentery outbreaks in rural boarding schools by whole-genome sequencing

摘要: 对陕西省3起寄宿制学校感染性腹泻暴发事件进行流行病学调查、病原分离鉴定及分子溯源分析,为科学指导临床诊断治疗及流行病学调查工作提供参考.方法对陕西省3起寄宿制学校感染性腹泻事件开展现场调查,描述疫情三间分布,分析流行特征.采集病例肛拭子标本、剩余食物、环境及水源标本,进行病原分离鉴定.选择代表菌株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型,全基因组多位点序列分型(MLST),单核苷酸多态(SNP)分析,预测毒力基因谱及耐药基因谱.结果 2017年8-9月报告的3起疫情共发病282例,以发热、腹泻为主,里急后重及粘液脓血便症状不明显,均为学生群体,性别间差异无统计学意义.病例肛拭宋内志贺菌检出率为62.22% (56/90),肛拭ipaH基因检测阳性率为69.70% (46/66),环境样本阳性率为12.31% (8/65);PFGE,全基因组MLST,SNP分析表明,3起疫情代表菌株不同源.毒力基因预测共有12种毒力基因.耐药基因预测有氨基糖苷类、甲氧苄啶类、磺胺类、β-内酰胺类、四环素类、大环内酯类的耐药基因.结论陕西省3起寄宿制学校宋内志贺菌引起的细菌性痢疾暴发之间无直接关联,病原菌毒力基因谱与国内常见宋内志贺菌特征一致,存在多重耐药基因.
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